Restée telle qu’Henri Dupuis l’avait aménagée au XIXe siècle, la salle de minéralogie (consacrée à l’étude des minéraux) expose plusieurs centaines de minéraux répartis dans 17 vitrines qui tapissent les murs.
De multiples sortes de quartz, de gypses, de pierres semi-précieuses, mais aussi de minéraux plus traditionnels, comme le fer contenu dans la pyrite, sont ici conservés. La présentation ancienne qui témoigne d’un goût des amateurs du XIXe siècle pour les curiosités et les beautés de la nature correspond moins aux présentations actuelles des musées de Science, mais elle permet d’embrasser d’un coup d’œil la variété des minéraux et leur beauté.