La salle de « conchyliologie » (c’est-à-dire la salle consacrée à l’étude des coquillages) est située au premier étage de la maison d’Henri Dupuis. Plus de 20 000 spécimens de coquillages marins y sont exposés, dans de grandes vitrines.
Ces coquillages ont été achetés par Henri Dupuis à des voyageurs, parfois échangés avec d’autres collectionneurs. Gastéropodes, bivalves, céphalopodes, toutes les classes de mollusques sont présentées. La variété des formes, des couleurs, des tailles de coquillages qui tapissent ainsi littéralement les murs, rend compte de l’extraordinaire richesse de la faune marine.