La collection actuelle du musée Henri Dupuis est issue de la réunion entre les collections de cet illustre audomarois et de plusieurs donateurs qui ont légué leur collection d’histoire naturelle à la ville entre les années 1830 et les années 1990.
Parmi ces bienfaiteurs, Charles Van Kempen, passionné d’ornithologie (l’étude des oiseaux), a accumulé durant toute sa vie des milliers de spécimens d’oiseaux naturalisés, issus de toutes les contrées du monde. Il a donné sa collection en 1921. La réunion du fonds Van Kempen, d’Henri Dupuis et d’autres naturalistes du Nord fait de la collection audomaroise l’une des plus intéressantes, notamment pour les espèces locales de volatiles.